La notion de ville-région, bien que très intéressante sur papier, comporte son lot de critiques. En effet, en raison d’une multiplication d’acteurs et d’instances de décision, la gestion et la gérance des infrastructures peuvent s’en retrouver affectées et même alourdies. Cela amène inévitablement à des contributions financières et une répartition des coûts d’entretien inégales entre les diverses administrations impliquées. À cet égard, la notion de limites et de frontières s’avère souvent floue et problématique. Dans le cas de régions très étendues, les infrastructures de transport peuvent s’avérer très coûteux à opérer. Une augmentation des coûts des logements (valeur foncière) est à prévoir, due à l’ajout de services, d’équipements et d’infrastructures de transport. Ce faisant, un embourgeoisement et une gentrification sont souvent observés, amenant inévitablement un processus d’homogénéité de ses populations (classe sociale, ethnicité, modèle familial …), voire une ségrégation sociale. De plus, le principe de ville-région s’appuie énormément sur un développement réfléchi et posé des systèmes de transport collectif. Or, cela n’est pas gage de résolution de la congestion routière et de la dégradation écologique.